蒙古国海关在海关监管方面，优化配置人力资源，更多地使用现代化监管X射线设备、探测装置、搜查犬等措施手段，尽可能不拆封对货物、车辆集装箱、包裹进行检查。非拆解检查方法是世界各国公认的一种减少检查时间和机械操作、降低检查人员出现问题风险的检查方法。蒙古国海关今天使用以下检查设备。1.大型固定和移动X射线检查设备：主要对集装箱和车辆装载的货物进行检查；2.小型固定X光检查设备：对旅客随身携带的行李和物品以及国际邮件包裹进行检查；3.搜查犬：经过专门训练的海关抽查犬，可以通过气味检测，发现违禁品、毒品、爆炸物、枪支和食品；4.微波扫描仪：借助人体或人体上其他物体反射的波能来检测金属物体和爆炸物；5.探测装置：对车辆、箱包、包裹部分物品进行检查，通过其局部密度等参数，发现用作掩护的违规行为。
同国际海关组织成员国一样，蒙古海关从5月1日起试行“电子登记一体化操作”。这是支持国际贸易并为公民和企业创造舒适条件的一大进步。尽管海关部门已将货物申报流程100%地转入电子化系统，但公民和企业仍亲自前来申报，进入面对面处理相关关系。所以，蒙古海关试行“电子登记一体化操作”，对办理海关业务的人员和企业供简单、易懂、节省时间和成本的服。公民和企业可以通过电子方式申报其货物。
2023年6月21日，海关总局会同通信监管委员会联合举办了“信息通信设备核查”和“非法使用无线电频率及相互影响”主题培训。乌兰巴托海关、成吉思汗国际机场海关、国际邮政海关30名员工在现场参加培训，55名员工在线参加培训。
